Die funktionelle MRT (fMRT, engl. fMRI) ermöglicht die Abbildung von aktivierten Gehirnarealen mit hoher räumlicher Auflösung. Die fMRT detektiert dabei Signaländerungen aufgrund eines erhöhten Stoffwechsels in den aktiven Arealen. Diese Änderungen werden durch unterschiedliche magnetische Eigenschaften von sauerstoffreichem und sauerstoffarmem Blut hervorgerufen (sogenannter "blood oxygen level dependent" (BOLD) Kontrast) und durch den Vergleich von Messungen mit Aktivierung (stimulierter Zustand) zu Messungen ohne Aktivierung (Ruhezustand) detektiert.