Ein Synchrotron ist eine spezielle Infrastruktur, die eine Reihe von Teilchenbeschleunigern inkludiert. Auch konventionelle Röntgenröhren nutzen die Beschleunigung von Ionen aus. Im Gegensatz zu konventionellen Röntgenquellen werden bei der Synchrotron-Röntgenbildgebung die Elektronen allerdings auf nahezu Lichtgeschwindigkeit in drei Stufen beschleunigt: Zunächst werden sie durch einen Linearbeschleuniger auf knapp 99% der Lichtgeschwindigkeit beschleunigt. Diese subatomaren Partikel werden dann in ein Booster-Synchrotron eingeschossen, in welchem die Energie weiter auf 6 GeV erhöht wird. Anschließend werden alle 100 ms Pakete dieser beschleunigten Elektronen in den großen Speicherring eingeschossen und in einem Ultra-Hochvakuum auf Geschwindigkeit gehalten.
Innerhalb des großen Speicherrings ist eine Vielzahl von dauermagnetischen Systemen – genannt Insertion Devices (Wiggler, Undulatoren) und Ablenkmagneten – installiert, welche den beschleunigten Elektronenstrahl so kohärent, d.h. fokussiert, wie möglich halten und die Brillanz somit erhöhen. Die Brillanz misst die Anzahl der Photonen pro Zeiteinheit und relativ zur Fläche des Strahlprofils. Synchrotrons liefern durch ihre spezielle Architektur dabei extrem hohe Brillianz, in etwa 12 Größenordnungen über medizinischen Röntgenquellen liegen, wodurch scharfe Bilder auf hohen Auflösungen möglich werden.
Während die Insertion Devices den Strahl entlang der geraden Anteile des Ringbeschleunigers manipulieren, leiten die Ablenkmagneten den Strahl um die gekrümmten Sektionen. Bei der Durchlaufung des Elektronenstrahls durch die Ablenkmagneten verlieren die Elektronen im Strahl Geschwindigkeit und geben diese Energie in Form von Röntgenstrahlung ab. Diese wird an spezifizierten Stellen tangential aus dem Speicherring herausgeleitet und in eine Strahllinie (en. beamline) geführt. Der dort ankommende Röntgenstrahl besitzt die im Ring gehaltenen Strahleigenschaften der extrem hohen Brillanz und der starken Kohärenz.
Zusätzlich erlaubt die hohe Frequenz, mit der Röntgenstrahlung aus dem Speicherring extrahiert werden kann, eine in situ und ggf. in operando-Betrachtung des Objektes, was daher zeitaufgelöste Experimente ermöglicht.